"北京大学第一医院的前身是1898年创立的京师大学堂医学馆，是中国最早的西医教育机构之一。1912年，医学馆改为北京大学医科，

1915年，医科分设男女两院，男院即为北京大学第一医院的雏形。

1920年，北京大学医科与协和医学院合并，成为国立北京大学协和医科，第一医院也随之改名为协和医院。

1928年，国立北京大学协和医科分裂，协和医院归属协和医学院，北京大学第一医院恢复原名。1937年，抗日战争爆发，第一医院迁往陕西汉中，并与西北联合大学合作，成为西北联合大学附属第一医院。

1946年，第一医院迁回北京，并与北京大学重建联系，恢复为北京大学附属第一医院。

1952年，全国高等教育院校调整，北京大学附属第一医院划归北京医学院管理。

1985年，北京医学院更名为北京医科大学，第一医院也随之更名为北京医科大学第一临床医学院附属第一医院。

2000年，北京大学与北京医科大学合并，第一医院重新回归北京大学，并更名为北京大学第一临床医学院附属第一医院。

2019年，第一临床医学院更名为北京大学基础医学与临床公共卫生联合学部，第一医院也更名为北京大学基础医学与临床公共卫生联合学部附属第一医院。

2021年，为了简化名称和提高知名度，第一医院恢复使用北京大学第一医院的名称。"