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十三味菥蓂胶囊具有清热、通淋、消炎止痛的功效，可用于治疗淋病、睾丸肿大、膀胱炎、腰痛等。

本品中菥蓂子明目、祛风湿；紫草茸清热、凉血、解毒；大托叶云实活血消肿；茜草补血活血；山矾叶清热解毒、收敛止血；圆柏祛风散寒、活血消肿、解毒利尿，辅以波棱瓜子清肝利胆、健脾助运。全方合用，共同发挥清热、通淋、消炎止痛的功效。