许多药物在室温下通常能存放1-2年，但有一些药物，特别是液体制剂和注射剂，其保质期可能更短，一般为6个月至1年之间。患者在使用芎菊上清丸前应仔细阅读说明书，明确药物的保质期限和储存条件。如果药物过期，则不可使用，因为过期的药品不仅疗效降低，还有可能对人体造成危害，导致一些毒副作用。

芎菊上清丸含有甘草，不宜与海藻、大戟、甘遂、芫花合用，也不宜与含有海藻、大戟、甘遂、芫花的中药制剂合用，如内消瘰疬丸（含海藻），祛痰止咳颗粒（含甘遂、芫花），舟车丸（含大戟、甘遂、芫花）。因为本品与以上药物合用，属于中药“十八反”的配伍禁忌（藻戟遂芫俱战草），会发生毒性反应或副作用。

因为本品用于治疗外感风邪引起的病症，所以患者在服用本品期间，不宜同时服用滋补性中药，如人参、鹿茸、阿胶，以免滞留邪气，影响治疗。

本品和其他药物合用，也可能发生药物相互作用，降低药物疗效或发生毒副作用。因此，为确保安全用药，患者用药期间如需合用任何其他药物，请务必先咨询医生，绝不可擅自合用。