不同品牌的牛黄上清丸有效成分相同，疗效上也相差无几，所以很难准确说哪个品牌的牛黄上清丸比较好，因此患者选哪一种牌子的牛黄上清丸都是可以的。各个品牌之间，由于受生产工艺、原料价格、广告宣传、包装规格等因素影响，价格上也会有高、有低，患者可以根据自身经济条件，选择合适的品牌进行购买。

牛黄上清丸有大蜜丸、水蜜丸和小蜜丸，水蜜丸和小蜜丸通常是袋装，一次服用1袋，大蜜丸一次服用4丸，一天吃两次。大蜜丸不能直接吞咽，可以直接嚼着吃，但是味道可能比较难以接受，或者可以捏成小丸之后再用水送服。本品比较寒凉，饭前服用容易损伤脾胃，所以，在饭后服用较合适。除了丸剂之外，市场上还有胶囊和片剂，一般没有那么浓重的味道，比较便于服用。

丸剂含有蜂蜜，不适宜糖尿病患者服用。由于本品寒凉性较大，年老虚弱、大便稀薄的患者不能服用，以免引起腹泻、腹痛等副作用。又因为牛黄泻下的作用较强，容易导致孕妇流产，所以孕妇要慎用。心律失常、心脏病、肝病、肾病等慢性病严重者以及儿童，应在医师指导下服用。

服药期间不宜同时服用温补性中成药，比如附子理中丸、金匮肾气丸、健脾丸等，以免影响药效。自行服药三天后如果症状没有改善，应去医院就诊。不能擅自将本品与其他清热降火的药物同时服用，合用其他药物前请先咨询医师或药师。