不同品牌的芎菊上清丸有效成分相同，疗效上也相差无几，所以很难准确说哪个品牌的芎菊上清丸比较好，因此患者选哪一种牌子的芎菊上清丸都是可以的。各个品牌之间，由于受生产工艺、原料价格、广告宣传、包装规格等因素影响，价格上也会有高、有低，患者可以根据自身经济条件，选择合适的品牌进行购买。

芎菊上清丸含有甘草，不宜与海藻、大戟、甘遂、芫花合用，也不宜与含有海藻、大戟、甘遂、芫花的中药制剂合用，如内消瘰疬丸（含海藻），祛痰止咳颗粒（含甘遂、芫花），舟车丸（含大戟、甘遂、芫花）。因为本品与以上药物合用，属于中药“十八反”的配伍禁忌（藻戟遂芫俱战草），会发生毒性反应或副作用。

因为本品用于治疗外感风邪引起的病症，所以患者在服用本品期间，不宜同时服用滋补性中药，如人参、鹿茸、阿胶，以免滞留邪气，影响治疗。

本品和其他药物合用，也可能发生药物相互作用，降低药物疗效或发生毒副作用。因此，为确保安全用药，患者用药期间如需合用任何其他药物，请务必先咨询医生，绝不可擅自合用。