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肉芽肿性唇炎的病因非常复杂。肉芽肿性唇炎是一种变态反应性疾病，其发生因素可能是对变性坏死的组织过敏，或者对变性坏死后分解的蛋白物质过敏。目前，机体发生变性坏死的疾病范畴非常广范，临床上比较常见的是各种炎症，炎症就是指正常的组织发生了炎性改变，因此很多炎症性的疾病，都可能成为肉芽肿性唇炎的诱发因素。
1、牙体病变，例如龋病，其是一个感染性的牙体硬组织疾病；口腔里的牙周病，是感染性的牙周的疾病；还有根尖炎、牙髓炎等都属于炎症性的病变，都可以诱发肉芽肿性唇炎。
2、扁桃腺炎、舌乳头炎或者其他口腔黏膜疾病，都可以作为变性的组织、炎症性的组织，成为肉芽肿性唇炎致敏的一个诱因。
3、鼻炎、鼻窦炎、中耳炎以及眼睛的各种炎症，都可以作为病灶组织，成为肉芽肿性唇炎发病的诱因。
4、口腔颌面部的淋巴结炎，甚至身体其他部位的淋巴结炎，也可以成为肉芽肿性唇炎的诱因。
5、根据某些病例报告显示，一些肠息肉的患者，也会发生肉芽肿性唇炎，在将肠息肉切除以后，肉芽肿性唇炎才可能消退。
临床上，大概80%的肉芽肿性唇炎，可以在口腔找到感染性病灶，在患者的口腔内可能存在牙齿的龋病，或者存在牙髓炎，又或者存在根尖炎、牙周炎、冠周炎等、舌乳头炎、扁桃腺炎、咽炎等疾病。这些病因如果被及时的发现，通过临床治愈以后，肉芽肿性唇炎也会消除。另外20%的肉芽肿性唇炎的患者，在口腔内和口腔颌面部没有发现明确的感染灶，临床治疗就比较盲目，治疗效果也不是很理想，这种情况多考虑其可能在患者身体的其他部位，存在炎症或者变性的组织没能被及时发现。