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氯霉素为抑菌药，口服或注射治疗伤寒和其他沙门菌属感染，脑脓肿，严重厌氧菌感染等。局部应用治疗敏感病原菌引起的眼部、耳部、阴道、皮肤感染。用途不同副作用也不同。
口服或注射（氯霉素片、氯霉素胶囊、氯霉素注射液）的不良反应
1、血液系统异常：氯霉素可引起骨髓抑制，是最严重的不良反应，可能引起白细胞和血小板减少，甚至导致再生障碍性贫血。某些先天性葡萄糖-6-磷酸脱氢酶不足的患者中还会发生溶血性贫血。长期口服氯霉素还可诱发出血倾向，出现瘀点、瘀斑和鼻出血等。
2、灰婴综合征：临床表现为腹胀、呕吐、进行性苍白、紫绀、微循环障碍、体温上升、呼吸不规则。常发生在早产儿或新生儿应用大剂量氯霉素时，类似表现也可发生在成人或较大儿童应用更大剂量时。及早停药，也是可以完全恢复的。
3、周围神经炎和视神经炎：常在长期用药时发生，及早停药，是可以恢复的，也有发生视神经萎缩而导致失明的。
4、消化道反应：可出现腹泻、恶心、呕吐等。
5、过敏反应：较少见。可导致各种皮疹、日光性皮炎、血管神经性水肿。一般较轻，停药后可迅速好转。
6、二重感染：可导致变形杆菌、铜绿假单胞菌、金黄色葡萄球菌、真菌等引起的肺、胃肠道及尿路感染。
眼部用药（氯霉素眼膏、氯霉素滴眼液）的不良反应
1、常见的不良反应：常见用药后出现短暂烧灼感和刺痛。
2、少见的不良反应：少数患者会出现瘙痒、眼红、皮疹、肿胀和其他刺激症状。
3、罕见的不良反应：罕见在停药后数周或数月出现皮肤苍白、咽炎和发热、异常出血和青肿、异常疲劳和虚弱。
阴道用药（氯霉素阴道软胶囊）的不良反应
阴道用药长期大量使用后也可因吸收而引起类似全身给药的不良反应，如再生障碍性贫血。长期使用应定期检查血常规。
皮肤用药（氯霉素搽剂）的不良反应
皮肤用药偶尔可能出现过敏反应，比如瘙痒、皮疹、日光性皮炎等，需要立即停药。
耳部用药（氯霉素耳栓、氯霉素耳丸）的不良反应
耳部用药可导致局部接触性皮炎。
用药安全提示
1、氯霉素应在医师指导下使用，用药前请仔细阅读说明书，了解用药注意事项及药物的不良反应等。
2、长期口服含雌激素的避孕药，如果同时吃氯霉素，可使避孕的可靠性降低，以及经期外出血增加。
3、服药过程中应定期进行血液检查，长期治疗必要时还要作骨髓检查，以便及时发现与剂量有关的可逆性骨髓抑制。而且停药后也可能发生再生障碍性贫血，如有异常症状停药后也需要到医院检查。
4、眼部用药时瓶口不要接触眼睛，使用后要拧紧瓶盖，不要让瓶口接触皮肤，以免污染。
5、眼部长期用药（超过3个月）可引起视神经炎或视神经乳头炎，特别是小儿。长期应用需要事先作眼部检查，并密切注意患者的视功能和视神经炎的症状，一旦出现症状立即停药就医。
6、用药期间出现任何严重、持续或进展性的症状，及时就医。