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如果肠系膜上动脉栓塞不及时进行治疗，就会对人体造成一定的危害。
1、肠膨胀。当肠系膜上动脉栓塞后，肠道血液供应中断，神经失去血液营养，就可能会引起肠壁的神经、血管功能受损，进而导致肠壁蠕动功能障碍，最终引起肠道梗阻，使肠道内积存大量气体（气体部分来自细菌代谢的气体，部分是患者进食或者吞咽时吞入的空气），造成肠腔膨胀。当肠腔持续膨胀时，肠道内压力也会不断增高，导致肠壁变薄，影响肠壁的血液供应。
2、呼吸功能损伤。如果肠腔不断膨胀、腹腔内渗出物不断增多，就可能会导致腹腔内压增高，横膈上升，胸腔容积减少，进而引起吸入和排出功能障碍，最终造成呼吸功能损伤。
3、水、电解质、酸碱平衡紊乱。在正常情况下，人体每天分泌的唾液、胃液、胆汁、胰液和小肠液总量高达8～10升，且几乎全部被肠道吸收（其中小肠是最主要的重吸收部位），一般仅有100～200毫升的分泌液是通过粪便排出的。 当发生肠梗阻时，大量的水、电解质随着频繁呕吐被排出体外，导致体内含量严重不足，进而出现严重脱水，甚至可能会引起低血容量休克。且肾脏也会由于灌注不足，出现尿少或者其他肾功能衰竭的表现。
4、肠管坏死。如果肠系膜上动脉栓塞引起的肠梗阻不及时进行治疗，肠壁张力持续升高，就会导致肠壁的血液循环障碍，使肠壁静脉血液回流受阻、肠壁淤血、肠壁通透性增加，从而加重血浆渗出，引起全身动静脉循环障碍，造成肠管坏死、破裂。
5、感染。肠道菌群过度增生，菌群严重失调，就可能会导致肠粘膜的生物屏障损伤，且肠粘膜的其他屏障功能（物理屏障、化学屏障、免疫屏障等）也会受到损伤。由于肠粘膜屏障功能受损，肠道内的菌群可以移位至腹腔内，或者通过淋巴循环、血液循环播散到达全身，引起肠源性感染。随着病情的进一步发展，严重时可出现休克、多器官功能障碍，甚至死亡。
临床上，肠系膜上动脉栓塞的预后相对比较差，死亡率也相对比较高，因此要早发现、早治疗，降低肠系膜上动脉栓塞的死亡率。