早晨起床时肩部肌肉酸痛可能是因为多种原因，包括受凉或睡觉时受到压迫造成的生理因素，以及颈肌筋膜炎、颈椎病、肩周炎、类风湿性关节炎等疾病因素引起的。需要及时查明具体病因。

1.生理性因素：受凉或睡觉时受到压迫会导致血液循环不畅，进而使肌肉发生痉挛，产生过多的乳酸物质。通过热敷和休息，通常可以缓解和改善症状。

2.颈肩肌筋膜炎：这是一种无菌性炎症，夜间睡觉时，筋膜长时间处于一种状态，早晨醒来后，受到刺激会导致肌肉酸痛。

3.颈椎病：夜间使用过高的枕头或受到寒冷刺激，会引起神经根水肿。由于神经受到刺激，早晨起床后会出现肩部肌肉放射性酸痛。

4.肩周炎：肩关节存在渗出和粘连，夜间睡觉时如果受凉，早晨起床后会出现肩部肌肉酸痛。

5.类风湿性关节炎：这是一种自身免疫性疾病，早晨也会出现肩部肌肉酸痛的症状。

若出现早晨肩部肌肉酸痛的症状，建议及时就诊，明确具体病因，并按医嘱进行治疗。