可能导致流产手术后五六天肚子疼的原因有以下几点：

1. 子宫收缩：在流产后，子宫会经历复原过程，内分泌环境发生变化，促使子宫收缩。这种收缩可能导致疼痛感，特别是在流产手术后五六天，如果子宫没有完全恢复，仍可能感到疼痛。

2. 宫内感染：如果在流产后没有做好个人卫生清洁，可能会导致病原菌入侵，增加宫内感染的风险。流产后五六天发生的宫内感染也可能引起肚子疼的症状。

3. 腹膜炎：如果流产手术不是在正规医院进行或者手术操作不熟练，在穿刺子宫时可能造成子宫穿孔，导致盆腔腹膜炎。此种情况也可能在流产五六天后引起肚子疼。

4. 宫内残留：如果流产手术没有彻底清除干净，宫腔内可能会残留妊娠组织物，刺激子宫收缩，也可能导致流产五六天后的肚子疼症状。

总的来说，导致流产五六天后肚子疼的原因有很多，如果疼痛情况严重，建议及时就医。