HPV31病毒的清除方式有两种，分别是自愈和药物治疗。对于免疫力较强的感染者，他们可以通过减少病毒接触并增强体质来实现病毒的自然转阴，从而彻底清除病毒。保持良好的生活和饮食习惯，适当进行锻炼可以帮助增强体质并提高机体免疫力。对于免疫力较低的中老年人群，他们很难自然转阴，因此可以通过药物治疗来提高机体局部（如干扰素凝胶）或全身（如转移因子）免疫力，以彻底消除病毒。需要在专业医生的指导下使用药物。然而，HPV31属于高危型HPV，彻底清除并不是一件容易的事情。即使经过医学干预，部分免疫力低下的人群也很难完全清除病毒。因此，建议这类人遵医嘱定期进行宫颈筛查，以避免引发宫颈癌等难治性不良预后。