对于低位单纯性肛瘘，可以采取手术治疗或保守治疗。

手术治疗是首选方法，可以有效预防复发和病情进展。手术过程包括切开肛瘘、修剪瘘管创口成V形，并完全切除瘘管，同时切除内口，并进行瘘管扫除术等，具体手术方式由医生根据患者病情而定。

保守治疗适用于身体状况较差或年龄较大的患者。医生会通过探针探查，直接剔除瘘管并修整创面，术后进行引流，无需缝合。术后，医生会指导患者使用抗生素，如头孢曲松钠、甲硝唑等进行治疗，但一般无法完全治愈。

对于低位单纯性肛瘘患者，建议尽早进行治疗，以避免感染加重并形成多个瘘道，对身体造成更大的伤害。