肛瘘有内口没外口可能是因为以下原因导致的：

1.肛周脓肿：大部分肛瘘是由于直肠周围的脓肿引起的。当脓肿被切开引流后，可能会破裂或形成外部开口，这个口会位于肛门周围的皮肤上。如果这个外口自行愈合，就会形成肛瘘，而且只有内口而没有外口。

2.直肠肛门损伤：吞咽骨头、外伤、肛门镜检查等都有可能导致损伤肛管和直肠，这会引起细菌侵入损伤部位，从而导致肛瘘只有内口而没有外口的情况。

3.会阴部手术：一些会阴部手术也可能导致肛瘘有内口没外口的现象，比如内痔注射误入肌层、产后会阴缝合后感染、手术后感染、前列腺或尿道手术后感染等。

如果出现肛瘘有内口没外口的情况，应该及时去医院接受检查，明确病因，并在医生的指导下进行相应的处理和治疗。