当出现咬合时腮帮子和耳根的疼痛，可能是由于以下几种情况引起的：根尖炎、腮腺炎和颞下颌关节紊乱等。

根尖炎是指炎症导致渗出物，在根尖部位引起疼痛，还可能出现耳根和脸部的疼痛。治疗方面，可以通过口服甲硝唑来缓解疼痛，并进行根管治疗术来治疗根尖炎。

腮腺炎则是指腮腺发生炎症，出现腮腺肿大和触痛，同时也可能伴随咬合时腮帮子和耳根的疼痛。在医生的指导下，可以尝试干扰素等治疗方法，并进行腮部的热敷来缓解疼痛。

而对于颞下颌关节紊乱的患者，由于深覆合的存在，可能导致颞下颌关节发生紊乱，进而引起颞下颌关节炎症，从而导致腮帮子和耳根的疼痛。在医生的指导下，口服阿司匹林可以缓解关节产生的疼痛。

当出现咬合时腮帮子和牙根疼痛的情况时，建议尽快去医院进行检查，并接受规范化的治疗。