运动后脚后跟疼痛的可能原因包括摩擦、滑膜炎和跟腱炎等。摩擦是由于长时间跑步导致脚后跟与鞋子之间的摩擦而引起皮肤破损，进而导致疼痛。可以使用碘伏或莫匹罗星软膏进行消毒和涂抹治疗。

滑膜炎或跟腱炎可能是由于长时间负重活动，对脚后跟施加持续刺激，引发滑膜炎和炎症反应。急性或慢性劳损可能导致无菌性或非特异性炎症，从而引起跑步后脚根部酸胀和疼痛。可根据医嘱口服布洛芬或尼美舒利等止痛药物。

除了上述原因，跑步后脚后跟疼痛还可能有其他原因。建议及时就诊于医院，进行全面检查以明确病因，并根据检查结果给予针对性的处理和治疗。