早上醒来发现眼睛肿胀可能由以下因素导致：生理性因素、过敏性结膜炎和肾炎等。具体解释如下：

1. 生理性因素：当患者在睡前饮水过多、过度疲劳或睡眠不足时，眼部局部血液循环可能出现障碍，导致眼睛在早上醒来时出现肿胀症状。

2. 过敏性结膜炎：如果患者在室内接触到刺激性物质时，可能会引起眼睛结膜的刺激，导致炎症反应。当患者睡一觉后，可能会出现眼睛肿胀的情况，并伴有流泪、畏光、灼热感等症状。

3. 肾炎：肾炎通常与病原体感染、自身免疫紊乱和内分泌失调等因素有关。肾炎患者可能会有炎性渗出，从而导致眼睛肿胀的情况发生。

如果早上醒来眼睛肿胀，建议及时前往正规医院进行检查，以明确具体病因，然后选择合适的治疗方法。