手指甲凹陷的原因包括营养性疾病、甲周疾病、指甲外伤以及指甲局部感染。建议您前往医院进行检查，并根据自身情况进行对症治疗。

1. 营养性疾病：当患有缺钙、贫血、营养不良等疾病时，可能会影响指甲甲母质细胞的功能，导致合成异常的甲板蛋白，从而引起指甲的凹凸不平状况。

2. 甲周疾病：银屑病、甲沟炎等疾病也可能导致指甲形态异常。

3. 指甲外伤：如果手指受到外伤并造成指甲破损，在接下来的生长过程中，指甲可能会出现短暂的凹凸不平现象。

4. 指甲局部感染：由真菌感染引起的甲癣同样会破坏甲母质，导致指甲出现凹凸不平状况。

建议您及时前往医院就诊，遵循医生的建议进行治疗。