一般情况下，精子畸形率98%的情况下，怀孕成功的概率较低。精子畸形率高说明精子质量较差，其活力也较差。因此，它们在经过阴道、输卵管，以及完成受精过程中的顶体反应方面的成功率也较低，从而导致怀孕的概率不高。

即使受精卵成功着床，由于精子畸形率较高，可能会引起胎儿的畸形，并影响正常发育，可能导致流产或早产等不良反应。

精子畸形率较高可能与生殖系统炎症（例如尿道炎、前列腺炎等）以及染色体异常等因素有关。如果发现精子质量异常，建议前往医院进行相关检查，以明确导致精子畸形的原因，并进行相应治疗。通过治疗，保证精子质量的正常，才能提高精子与卵子的结合能力，从而增加怀孕的可能性。