经期干净后小腹隐隐作痛可能是由几种潜在的疾病所引起，包括盆腔炎、附件炎或其他疾病。

盆腔炎是由病原体感染引起的炎症，它会导致下腹疼痛、阴道分泌物增多和发热等症状。因此，患者在经期干净后可能会出现小腹隐隐作痛的症状。

附件炎也是由病原体感染引起的炎症，患者会主要出现下腹痛、阴道分泌物增多以及下腹部包块等症状。

此外，其他疾病如子宫内膜异位症、卵巢囊肿和子宫肌瘤等也可能引起患者在经期干净后出现小腹隐隐作痛的现象。

如果患者出现经期干净后小腹隐隐作痛的症状，应及时就医，并在医生的指导下接受治疗。医生可以根据具体情况进行身体检查、需要的实验室检查和影像学检查，以确定疾病的确切原因。

治疗方式根据具体病因而定，可能包括抗生素治疗、消炎药物、手术治疗或其他适当的治疗方法。此外，患者应注意个人卫生，保持良好的生活习惯，避免交叉感染和疾病复发。

总而言之，经期干净后小腹隐隐作痛可能是由多种疾病引起的症状，及时就医并按照医生指导接受治疗是关键。一旦病因明确，合理治疗可以帮助患者缓解痛苦并预防进一步的并发症。