16岁女性出现子宫有3cm的囊肿，应该是指子宫颈囊肿。子宫颈囊肿的大小已经相当大了，可能会对膀胱、尿道、直肠造成压迫，导致尿频、尿急、排尿困难、便秘等症状。如果发生感染，可能会出现白带异常，如脓性、异味等。

一般情况下会建议进行手术切除。对于16岁的女孩来说，通常会进行单纯的囊肿切除手术。切除后，如果怀疑存在恶性变化的倾向，可能需要进行病理检查，以确定是否需要进一步治疗。

对于16岁子宫有3cm囊肿的患者，建议及时就医进行相关检查，明确病因后再根据病情进行治疗。

注意：以上内容仅供参考，请您及时咨询专业医生。医生会根据具体情况进行诊断和治疗。