益生菌早上或晚上服用并不会对其疗效产生显著影响，因此无法比较两个时段的好坏。

根据目前临床上常用的益生菌制剂（如双歧杆菌四联活菌片、乳酸菌素片、地衣芽孢杆菌活菌胶囊等）的用法，一般建议一日2~3次服用。早上服用或晚上服用不会对疗效造成明显干扰。因此，并不存在两个时段用药效果的比较价值。

此外，需要注意益生菌的禁忌证和不良反应。如果患者确有使用益生菌的需求，必须在医生的指导下进行用药。切忌盲目服药或自行增减药量，以免造成不良后果。