导致消化不良肚子还咕咕叫的原因有多种，包括肠易激综合征、慢性胃炎和消化性溃疡等。

1.肠易激综合征：肠易激综合征可能由于多种原因导致消化功能减弱，食物不易消化，从而引起食物与肠壁的摩擦，导致消化不良和咕咕叫的症状。对于这类患者，医生可能会建议使用促进胃肠蠕动的药物，如多潘立酮片、枸橼酸莫沙必利等，以改善症状。

2.慢性胃炎：慢性胃炎患者可能由于长期胃黏膜炎症引起胃肠蠕动减弱，从而出现消化不良和咕咕叫的症状。对于这类患者，医生可能会建议使用奥美拉唑、枸橼酸铋钾、多潘立酮等药物进行治疗。

3.消化性溃疡：消化性溃疡可能由于幽门螺杆菌感染等原因导致胃黏膜充血、水肿和炎症等症状，进而导致胃动力减弱，引起消化不良和咕咕叫的症状。治疗方面主要是通过抗幽门螺杆菌治疗，如三联、四联疗法等。

除了上述原因外，还有其他导致消化不良和咕咕叫的原因。建议这类患者前往正规医院就诊，配合医生进行相关检查，明确病因，并积极接受治疗。