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口腔念珠菌病的治疗方法分为全身治疗和局部治疗。
一、全身治疗，主要通过使用抗真菌类药物来达到全身治疗的效果，包括制霉菌素片、氟康唑胶囊、两性霉素B、伊曲康唑等等，这些都是口服药。
- 1、制霉菌素片。制霉菌素片是既便宜疗效又好的一种药物，但是其副作用是吃了以后会有恶心、呕吐或者肠道不舒服的感觉。因此，对于发生在口腔的念珠菌病来说，为了减轻口服带来的肠道副作用，可以让患者将制霉菌素片含在口腔里而不是咽下去。等到含化制霉菌素片以后，制霉菌素片的药物成分会溶解在唾液里，进而可在口腔中直接发挥作用。虽然最后还是吞咽了部分下去能够到达全身，但是大部分会留在口腔里发挥作用。
- 2、其他替代药物。部分病例即使通过含化制霉菌素也不能忍受其副作用，仍然有特别恶心、想呕吐的感觉，就只能使用氟康唑胶囊等其他药物来替代治疗。因为这些替代药物都需要通过口服用药，所以需要尽可能的监测和预防药物的副作用，例如其可能对肝肾功能造成的影响。总体上，含用制霉菌素片是最好的全身用药方法。
二、局部治疗。
- 1、用碳酸氢钠液漱口，其属于特别重要的一种局部治疗方法，因为3%左右的碳酸氢钠液有弱碱性，其不利于口腔念珠菌的生长。当口腔环境的PH值偏酸性时，在使用碳酸氢钠含漱液以后，可以将酸性环境纠正为偏碱性环境，从而抑制念珠菌的生长。
- 2、日常应预防局部感染。首先，应分餐分筷，减少传染机会。其次，如果配戴了活动性假牙，应每次吃完饭后取下假牙，用清水洗净以后再戴上，另外，假牙应每天晚上取下以后再睡觉，并且在睡觉期间将其泡在清水或者碳酸氢钠溶液里清洗干净，这样可以减少感染的机会。
- 3、婴幼儿局部治疗。因为婴幼儿没有能力含用制霉菌素，口服的安全性也较差，所以一般将制霉菌素片融化在5毫升（大约一汤勺）水里，待药物融化以后，家长用棉签蘸取制霉菌素液涂抹在口腔上有白色伪膜的部位来进行局部治疗。
- 4、其他。患者日常需要多吃蔬菜水果来丰富维生素营养，并且要在吃完酸甜食物以后用清水漱口，再用淡碱水（例如碳酸氢钠液）来纠正酸性。如果没有碳酸氢钠液，可以用氯己定含漱液或者复方氯己定含漱液，这些含漱液也有弱碱性，并且对念珠菌有一定的抑制作用。此外，西吡氯铵含漱液、聚维酮碘含漱液也都对真菌有抑制作用，其中西比氯胺还有含片剂型，如果感觉含漱液刺激性太大或者含漱的时间太短，可以用含片。除西比氯胺含片以外，目前还有地奎氯铵含片，其也能对真菌有部分抑制作用。