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环孢素为免疫抑制剂，用于预防器官移植、骨髓移植、眼角膜移植后的排斥反应，还可治疗自身免疫性疾病。副作用常见肾功能障碍。
口服或注射剂型的不良反应
1、血液和淋巴系统反应：可能出现贫血、血小板减少症，少见微血管病性溶血性贫血、溶血性尿毒综合征。
2、代谢和营养失调：高脂血症很常见，厌食症、高尿酸血症、高钾血症、低血镁也比较常见，很少见高血糖症。
3、神经系统异常：很常见震颤、头痛包括偏头痛、感觉异常，可能出现脑病征兆、惊厥、精神错乱、定向障碍、反应性降低、激动、失眠、视觉障碍、昏迷、轻瘫等。一旦出现任何严重不适，请及时就医
4、心血管系统异常：高血压和心绞痛很常见，少见心肌梗死。
5、胃肠道病变：有些患者用药后出现恶心、呕吐、腹痛、腹泻、牙龈增生等症状，部分患者可能出现胰腺炎。
6、肝肾损害：常见肾功能障碍、肝功能异常。
7、皮肤及皮下组织病变：有些人会出现多毛症，少数患者还会出现过敏性皮疹，应立即停药。
8、肌肉骨骼系统异常：环孢素会导致肌肉抽筋、肌痛、关节痛、骨折、关节脱位、滑膜囊肿、滑囊炎、僵硬、肌腱疾病、肌肉无力、肌病等。
9、生殖系统和乳腺疾病：可能出现月经不调、男性乳腺发育。
10、肿瘤：常见乳腺纤维腺瘤、乳腺癌，皮肤恶性肿瘤也可能发生。
11、感染：常见细菌、真菌感染、病毒感染（包括单纯疱疹和带状疱疹等）。要注意预防，出现感染时应及时治疗。
12、全身性不良反应：包括疲劳、水肿，体重增加也有可能出现。
环孢素滴眼液不良反应
部分患者会出现眼部轻微刺激症或结膜轻度充血，偶尔可见睫毛脱落、角膜上皮缺损、眼周皮炎、过敏症、角膜上皮点状病变等症状，但停药后可自愈。
用药安全提示
1、应在医师指导下使用，用药前应仔细阅读说明书，了解用药注意事项及药物的不良反应，出现严重不适症状应及时咨询医师。
2、环孢素可以透过胎盘屏障并能进入乳汁中，对胎儿和婴儿可能存在潜在危险，所以孕妇不要使用，哺乳期妇女用药时不要母乳喂养。
3、用药前和用药一个月后都要检查血脂，如果血脂升高要限制脂肪摄入，医生可能会考虑适当减少剂量。
4、环孢素可增加高血钾症的风险，要避免高钾饮食（海带、紫菜、香蕉等）、含钾药物和可引起钾潴留的利尿药（螺内酯、氨苯蝶啶等）。
5、环孢素可能引起皮肤癌变，特别是银屑病和异位性皮炎的患者，所以用药期间不要过度暴露于阳光下，要做好防晒措施。
6、用药期间要定期测量血压；检测肝、肾功能，特别是老人；严重肾功能不全的患者要做血清钾和镁的检测。
7、环孢素滴眼液需要在2-8℃的环境中保存，但有凝固倾向，可能出现轻微凝固状，或有轻微烟雾状，或见少量絮状物，如果出现这些情况，使用时在室温下（25-30℃）轻微振摇，直到恢复成溶液状。这种现象并不影响药物质量。
8、用药期间出现任何严重、持续或进展性的症状，应及时就医。