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肾上腺皮质增生主要针对病因进行治疗，其类型不同具体的治疗可有所差异。
1、继发肾上腺皮质增生
继发肾上腺皮质增生者，需首先明确原发病，而后针对病因给予相应的治疗。比如异位ACTH综合征，大部分由肺神经内分泌癌和支气管类癌等引起，需要手术切除癌组织、做淋巴结清扫等。
2、肾上腺皮质功能异常导致的增生
如果疾病根源就在肾上腺皮质本身，一般也考虑手术治疗。
（1）对于不同病因者，具体的手术干预措施可能有所差异。如促肾上腺皮质激素非依赖性肾上腺大结节增生，双侧肾上腺体积相似者可行双侧肾上腺切除术，而双侧肾上腺体积相差较大者则切除增生明显的一侧肾上腺。围手术期和术后可应用激素进行规律替代治疗。
（2）是否需要手术治疗也要根据患者具体情况和疾病本身的预后综合进行评估。对于身体状态不佳的患者，手术风险通常很高，但部分病情严重者在用药后可能获得手术机会、提高生存率。常用酮康唑、甲吡酮等固醇合成抑制剂，以及米非司酮等糖皮质激素拮抗剂。
3、先天性肾上腺皮质增生症
先天性肾上腺皮质增生症以内科治疗为基础，部分患者还可进行外科、心理疏导治疗，若发生紧急情况应及时抢救。
（1）若首诊时伴有电解质紊乱或临床发生休克，需及时静脉输液，扩充血容量和升高血压，以稳定生命体征。同时要补充皮质激素，急救时用的激素与病情平稳后所用的激素不同，后者常规应该氢化可的松，多为口服，现在也可用泵持续皮下注射。
（2）先天性肾上腺皮质增生症主要用糖皮质激素进行替代治疗。除了可以预防肾上腺危象发生外，还有维持正常生长和骨骼成熟、达到理想的终身高的用途。
（3）对于部分存在泌尿生殖道瘘的女性患儿，可能还需要进行阴道成形术等外科治疗。因此，对于各种类型的先天性肾上腺皮质增生症女性和失盐型患者，一方面需要终身治疗，另一方面可能需要手术矫正外阴。
（4）对于青春期或成年期单纯男性化的男性患者，可适当停药进行观察。当患者处于应激情况下需补充生理剂量的皮质激素。一般由大剂量开始，逐渐减量到维持量，以防药物副作用。通常需要常规用药和个体化用药兼顾，专业性比较强。因此，这个过程需要医生进行监测和随访，患者应杨遵医嘱定期随诊，以便医生能够调整剂量，评估疗效。
（5）由于先天性肾上腺皮质增生症的患者发病年龄较小，部分患儿确诊时正处于青春期。因此，医生需要在对患儿自我性别认知度进行判断的同时，还应针对家庭和患儿的不良心理做疏导。