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甲状腺癌应该与以下疾病作鉴别诊断：
1、甲状腺腺瘤：甲状腺腺瘤是甲状腺的良性肿瘤，多见于20~30岁年轻人。甲状腺腺瘤一般是单发结节，边界清晰、表面光滑、生长缓慢，有时可突然出现体积增大、囊内出血的情况。甲状腺瘤进行超声检查，没有颈部淋巴结和远处转移的征象，有助于鉴别诊断。
2、结节性甲状腺肿：常见于中年以上女性，病变时间通常可达数十年。结节性甲状腺肿常累及双侧甲状腺，表现为双侧甲状腺的多发结节，大小不一，病程较长时可能发生囊性变。甲状腺肿体积较大时，可能引起压迫症状，如压迫气管造成气管移位、可引起不同程度的呼吸困难，压迫食管可引起吞咽困难。结节性甲状腺肿还可能发生癌变，表现为短时间内体积增长快，出现甲状腺癌相应临床症状。
3、亚急性甲状腺炎：一般认为由病毒感染引起，自然病史为数周或数月。患者发病前通常有呼吸道感染病史，可表现为发热、局部疼痛，颈前疼痛在吞咽时尤为敏感，疼痛可放射到耳部，甲状腺可有弥漫性增大。部分患者可合并结节样肿物，肿物有压痛。亚急性甲状腺炎属于自限性疾病，一般数周后可自愈，少部分患者需要通过手术来排除甲状腺癌。
4、慢性淋巴细胞性甲状腺炎：也称为桥本氏甲状腺炎，常表现为慢性进行性双侧甲状腺弥漫性肿大，一段时间后甲状腺体积会变小。患者常没有明确症状，有时很难与甲状腺癌进行区分，但甲状腺抗体滴度或明显升高。
5、纤维性甲状腺炎：通常也称为木性甲状腺炎。患者的甲状腺会普遍增大，质地非常坚硬，如同木头一样，与周围组织紧密粘连。患者甲状腺通常能保持原本的形态，但由于与周围组织粘连固定，因此会产生压迫症状，很难与甲状腺癌进行鉴别诊断。患者出现气管压迫症状时，可以进行手术探查，切除压迫气管的峡部，以缓解、预防压迫症状，还可以明确诊断。